А совместимы ли между собой накопители и контроллеры SATA разных версий?
Да, совмещать можно как старые накопители с новыми контроллерами, так и наоборот. В отдельных случаях для переключения режима работы диска нужно изменять положение специальной перемычки, расположенной на его корпусе.
Игорь Мельниченко 
